市科技创新委员会办公室与市科学技术局、市科学技术协会一体化运行，设8个职能机构：
（一）综合科（政策法规科）。负责机关日常运转，承担全委性会议组织、重要文件起草、文电处理、文书档案管理、办公自动化建设等工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；承担机关并指导所属事业单位的资产管理、接待等工作；承担机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、日常考核等工作；负责离退休干部工作；负责机关及所属事业单位经费预决算工作，负责机关并指导监督所属事业单位财务管理、资产账务管理工作；承担规范性文件的合法性审查，承担行政执法监督、行政应诉等工作，负责协调各级科技支持政策的落实与宣传工作；组织科技政策的培训工作；承担科技监督评价体系建设和科技评估管理相关工作；组织开展科研诚信建设工作。
（二）高新技术科（安全生产监管科）。拟订全市科技创新发展战略、高新技术发展及其产业化的计划和政策并组织实施；研究我市科技创新产业发展图谱；组织开展相关领域技术发展需求分析，编制和组织实施市工业类科技计划，负责国家和省市产业创新科技计划项目组织推荐和协助管理工作，衔接省重点研发计划（产业前瞻与共性关键技术），推动关键核心技术攻关；指导高新技术特色产业基地建设；负责科技企业孵化器及众创空间管理工作，衔接省科技产业园、加速器和孵化器建设；负责高新技术企业、技术先进型服务企业、科技创新型企业、民营科技企业的组织申报和管理工作，组织实施科技型创业企业孵育计划，负责高新技术企业培育、企业创新梯队培育；推动科技创新创业投融资体系建设，承担推动科技与金融结合相关工作；牵头组织设立制造业产业技术创新战略联盟；负责民营科技企业的政策指导、统计调查；负责推进全市重点产业发展工作；负责协调科技军民融合发展相关工作，联系产业安全生产工作；牵头做好市科技重点工作综合考核及全市科技进步考核工作。
（三）科研机构科。负责编制和组织实施市科技基础设施、平台建设计划等创新能力建设计划，负责国家和省市相关科技计划项目的组织推荐和协助管理工作；负责高层次科研院所引进工作；负责研发型企业指导与服务工作；指导推进新型研发机构建设；拟订科技服务业发展规划和政策；承担全市技术转移体系工作，推进科技资源开放共享，推动科技服务业、技术市场和科技中介组织发展，负责技术合同认定登记有关工作；负责全市科技创新机构建设考核工作；牵头推进市科创平台建设；负责科研技术装备、实验动物管理工作；依据相关法律法规开展科技行政执法工作。
（四）区域创新科。负责推进区域创新和国家创新型城市建设工作，负责创新型乡镇建设的指导等管理工作；负责市高新技术产业开发区建设指导管理和协调服务，推进指导高新区创建国家级高新区；负责全市科技合作工作，推动长三角区域科技合作，推进南通沿江科创带建设，协调全市科创项目引育；负责拟订产学研协同创新计划和政策，组织全市性产学研对接活动，推动企业与高校院所开展产学研合作。
（五）科技成果科（外国专家科）。负责拟订科技成果产业化及产业技术创新政策措施、举措；负责省级及以上重大科技成果转化专项资金项目计划的组织推荐和协助管理工作，负责全市科学技术奖励、外国专家奖励及社会力量设立科学技术奖等管理工作，拟订科技成果登记、评价、奖励、保密、推广的管理办法并组织实施；负责南通市科技兴市功臣的组织与申报工作；负责科技社团、科技行业协会等相关管理工作；负责科技人才队伍建设工作，会同有关部门组织实施引进高层次人才创新创业专项工作；负责综合管理全市引进国外智力和外国专家工作，拟订引进国外智力和外国专家的规划、政策、计划并组织实施；拟订出国（境）培训规划、政策和年度计划并监督实施；组织实施重点出国（境）项目；承担外国人来我市工作、外国高端人才资质管理和服务保障；拟订国际科技合作、科技交流及创新能力开放合作的规划、政策和措施并推动落实，编制和组织实施市国际科技合作计划；组织开展国际技术转移和引进国外智力成果示范推广工作；承办涉港澳台科技合作与交流事宜，负责对外科技宣传工作；指导国际合作基地和外资研发机构建设；承担科技安全和科技保密相关工作。
（六）农村科技与社会发展科。拟订和组织实施科技促进农业农村、社会发展的规划和政策，编制和组织实施市农业、社会发展类科技计划，负责国家和省市对应的科技计划项目组织推荐和协助管理工作，推动重大关键技术攻关；指导推进省级农高区创建；组织实施现代农业科技创新工作，指导农业科技载体和农业科技示范推广基地建设，指导农业科技特色产业培育；负责科技特派员、科技促进乡村振兴工作，推动农业、农村科技进步和农村科技社会化服务体系建设；推动绿色技术创新，开展科技应对气候变化工作；组织实施涉及资源环境、人口健康、公共安全、可持续发展综合实验区以及其他社会事业领域的科技工作；拟订基础研究计划和政策，组织申报国家、省基础研究（自然科学基金）计划。
（七）学会学术科（国际联络科）。按照《社会团体登记管理条例》，负责对市级学会、科技类社会团体进行指导服务、监督管理；组织开展学术交流，活跃学术思想，繁荣学术园地，促进学科发展和知识创新；组织全市科技工作者积极参政议政，促进决策科学化、民主化；维护科技工作者合法权益；表彰、宣传优秀科技工作者，推荐人才，开展科技工作者的继续教育、培训和优秀自然科学论文评选工作；开展民间国际科技交流与合作；负责对所主管的学（协、研究）会、镇（区、街道）科协、企业科协以及农村专业技术协会工作进行业务指导。
（八）科学技术普及科。按照国家、省、市有关科普工作的方针政策，负责拟定全市科普工作计划，并组织实施；负责重大科普活动的组织协调；承担市全民科学素质领导小组办公室工作；研究、总结、推广面向社会开展科普工作的经验；指导科技馆等科技设施、场所的规划、建设和管理及科普工作队伍，举办科普宣传周、科普日等活动；组织开展全市青少年科创教育工作和各类科技竞赛活动；组织开展科技反邪教工作，开展捍卫科学尊严和反对愚昧迷信、伪科学、反科学的活动。