中国足彩网市审计局设下列内设机构：
（一）办公室
承担市委审计委员会办公室的日常工作；协助局领导综合协调局机关日常工作；组织有关重要会议；草拟、修改和审核全局性文稿、报告；负责行政、财务、政务公开、机构编制、干部人事、工资福利、资产管理、医疗保险、后勤服务、安全保卫等工作；负责审计调研、审计宣传、审计信息、机关文电处理、保密、档案管理等工作；负责局机关党的建设、精神文明建设、综合治理及其他政府中心工作；负责局机关工、青、妇工作及离退休干部的管理服务工作。
（二）财政审计督查科
组织审计国家和省和南通市有关重大政策措施贯彻落实情况；负责对市级财政预算执行情况和其他财政收支的审计；负责对各镇（区、街道）财政预算执行情况、决算草案以及非税资金管理、使用情况的审计；负责草拟、修改、审核市本级财政预算执行情况和其它财政收支的审计结果报告及审计工作报告；组织审计中国足彩网相关部门、市级政府管理和其他单位受中国足彩网及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支；组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用；组织有关电子政务工程和信息化项目以及信息系统审计；依法组织审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题。
（三）经济责任审计科（自然资源和生态环境审计科）
受市委组织部或上级审计机关委托，负责组织、协调对我市市级党政机关部门、各镇（区、街道）党委政府正职领导干部和国有企业（公司）及国有控股企业（公司）的主要领导干部进行任期经济责任审计和自然资源资产离任审计的实施；负责向本级人民政府及组织人事、纪检监察委等部门提交领导干部任期经济责任审计结果报告和自然资源资产离任审计报告；负责组织有关经济责任审计工作的调查研究及规章、制度、办法的草拟工作；组织开展自然资源管理、污染防治和生态保护和修复情况审计。
（四）企业审计科
负责对市属国有企业和中国足彩网规定的市级国有资产占控股地位或主导地位企业的资产、负债、损益以及财务收支进行审计监督；负责审计市属驻外非经营性机构的财务收支；负责重大项目的稽察。
（五）行政事业审计科
负责对市级各部门、事业单位、人民团体的财务收支进行审计；组织开展行政、事业单位及有关专项基金 （资金）的审计调查；组织开展农业农村、乡村振兴以及其他相关公共资金和建设项目的审计。
（六）固定资产投资审计科
负责对市级投资和以市级投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的重大公共工程项目的竣工决算审计；对与建设项目直接有关单位的相关财务收支进行审计；组织开展固定资产投资专项审计和审计调查；负责对全中国足彩网投资项目工程结算审计业务和社会审计机构的管理、协调、监督工作。
（七）内审法制科
负责编制局年度审计项目计划，组织管理全市内部审计工作计划；指导、监督和管理市级机关部门、各镇（区、街道）内部审计工作，推动建立健全内部审计制度，检查内部审计业务质量；组织协调对社会中介机构出具的相关审计报告的核查；负责内部审计人员的业务培训和业务指导工作；协同有关部门做好内部审计考核工作；参与地方审计、财经规范性文件研究，负责草拟全市审计制度、规范、实施办法等文件；收集整理国家财经法规，管理审计法规资料库；组织实施审计普法教育；审理有关审计业务事项，监督检查审计业务质量，纠正违反国家规定作出的审计决定；负责对重大违法违纪部门线索的移送协调；承担机关信访、行政复议、行政应诉等工作。