市水务局设下列内设机构:
（一）办公室。负责机关日常运转，承担信息、宣传、安全、 保密、信访、政务公开等工作；负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、教育培训、绩效管理等工作；负责全市水利系统人才工作和职工队伍建设；负责工会、 妇联、离退休干部工作；负责全市水利系统精神文明、作风效能建设工作。
（二）水资源和水保科（法制科）。负责全市水资源统一管理、 保护和监督工作；承担实施最严格水资源管理制度相关工作；开展水资源有偿使用工作；组织水资源承载能力监测预警工作；组织编制并发布全市水资源简报，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度；指导水量分配工作并监督实施，组织指导河道生态流量水量管理；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，按规定组织饮用水源地设置论证工作；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护，组织指导地下水超采区综合治理；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作；指导水利行业供水、排水和再生水利用工作；指导雨洪资源利用的工程建设与管理；拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，拟订相关标准并监督实施；组织指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量、用水效率控制和定额管理制度；组织指导和推动全市节水型社会建设工作；承担节水型城市创建有关工作；会同相关部门指导农业节水工作（含农业水价改革）；联系水行政执法工作；负责法治水利建设和依法行政工作；承办行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；负责水利系统法治宣传教育和普法宣传工作；负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施；组织开展有关水利改革与发展的政策研究；负责大中型灌排工程建设与改造；指导农村饮水安全、农村河道疏浚整治等工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导农村水利社会化服务体系建设；负责全市水土流失综合防治工作、畅通水系工作；拟定水土保持规划和计划并负责实施，负责水土流失监测、预报并公告；负责取水许可及生产建设项目水土保持方案行政服务工作；拟定水利科技、水利信息化发展规划并负责实施；负责水利科技项目和科技成果管理工作，组织水利科学技术研究、技术引进和技术推广；组织实施水利行业技术标准、规程规范；负责水利科技和水利信息化工作；负责水利行业对外合作与交流工作。
（三）工程管理和监督科（行政服务科）。拟订全市水利发展规划，组织编制区域水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施；拟订市级水利固定资产投资计划；组织指导有关防洪论证工作；编制水利建设项目建议书、可行性研究报告；组织实施省下达的水利建设投资计划；指导全市水利基本建设管理工作，负责水利工程建设项目法人及招投标活动的监督管理和水利建设市场信用体系建设；督促检查水利重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实情况；组织指导水旱灾害防御和水量调度工作；组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施；承担水情旱情监测研判预警工作；组织编制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施；承担防御洪涝应急抢险的技术支撑工作；承担台风防御期间重要水工程调度工作；负责本市一级河道行政许可事项的审核和转报；负责本市二级河道行政许可事项的审批工作，并限时办结；负责本市二级（含）以上河道水利工程设施、沿江堤防及岸线的管理、保护和综合利用；指导镇村级河道管理、保护和综合利用；负责市属水利工程的运行管理；组织编制水利工程运行调度规程，指导泵站、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界；指导城市防洪和水利工程的运行管理；组织编报沿江水利工程维修养护等项目计划并监督实施；指导沿江防洪工程的安全鉴定、更新改造、除险加固工作；负责引江调水规划的编制、实施等工作；指导河道采砂规划和计划的编制并监督实施；会同相关部门指导全市河道保护规划编制工作；组织全市水行政监督管理工作；组织实施本级水利工程建设质量和安全监督；承担水利行业安全生产监督管理工作；参加工程阶段验收和竣工验收；组织或参与本市水利安全生产事故、工程质量事故的调查处理，受理工程质量问题举报。
（四）财务审计科（三峡移民办）。指导全市水利系统财务会计工作；研究提出有关水利的价格、收费、信贷、投入及筹资等方面的意见建议；负责编制水利系统部门预算并监督执行；负责全市水利各类资金的计划、使用及监督管理；监督全市水利国有资产的管理工作；组织对全市水利系统进行内部审计工作，负责局机关的财务工作和所属事业单位财务管理、内部审计和领导干部的任期经济责任审计工作；指导水利经济工作；承担水利统计工作；指导三峡移民工作；贯彻落实三峡移民管理有关政策实施，指导监督三峡移民后期扶持政策的实施。
（五）河长制综合科。承担市河长制办公室的日常工作；组织拟订推行河长制工作制度，编制工作计划和考核目标；向市级河长提出工作建议，落实市级河长确定的事项；对河长制工作落实情况进行检查、督查、考核；协调督导河长制工作重点事项和问题。
另按有关规定设立机关党组织。